Ausgangssituation
Das Universitätsklinikum Ulm hat sich mit seinen 30 Kliniken und 16 Instituten einen festen Platz in der universitären Krankenversorgung, der Forschung und der Lehre erarbeitet. Eine dieser Kliniken ist die Klinik für Innere Medizin II mit einem Schwerpunkt in der experimentellen Forschung im Bereich der molekularen Kardiologie.
Molekulare Kardiologie ist ein Teilgebiet der Kardiologie, das die Herzfunktion und Herzerkrankungen auf Ebene der genetischen und molekularen Grundlagen untersucht. Sie erforscht, wie molekulare Veränderungen zu Herzerkrankungen führen, um gezielte Therapien zu entwickeln.
Das zuständige Forschungsteam will in Zukunft auf die Programmiersprache R setzen, um komplexe Datenanalysen durchzuführen, Analyseergebnisse verständlich zu visualisieren und damit die Forschung an diesem wegweisenden Thema vorantreiben zu können.
Ziel
Die molekulare Kardiologie des Universitätsklinikums Ulm möchte bei seinen DoktorandInnen Wissen im praktischen Einsatz der Programmiersprache R aufbauen. Wissen, welches sie in ihrer täglichen Forschungsarbeit unterstützt.
Lösung
Für die Erreichung ihres Ziels setzen die Verantwortlichen auf die führende R-Expertise der eoda. In enger Absprache mit dem Kunden hat eoda ein dreitägiges Trainingsformat konzipiert, welches Schulungselemente aus den etablierten eoda R-Einführungstrainings mit individuellen Praxispassagen auf relevanten Forschungsdaten kombiniert.
Die Schulungsschwerpunkte im Überblick:
- Tag 1: Einführung in R & die führende Entwicklungsumgebung RStudio (RStudio basics, Console vs script, Working directory, Installing & loading packages, Reading error messages etc.)
- Tag 2: Qualitätskontrolle, Dimensionsreduktion und Clusteranalyse (Seurat object structure, Normalization & variable feature selection, PCA & UMAP, Graph-based clustering & visualization etc.)
- Tag 3: Differential Expression & Interpretation (Marker Gene Detection, Volcano plots, Cluster Annotation etc.)
Ergebnis
„Grundlegende R-Einführung und tiefergehende Praxiskenntnisse: eoda hat es geschafft, in kurzer Zeit beides zu vermitteln und so den Grundstein zu legen für das selbstständige Arbeiten mit R. Die Trainingsinhalte waren sinnvoll strukturiert und sehr gut in den Arbeitsalltag zu überführen.“
Christian Schöllhorn
Molekulare Kardiologie – Klinik für Innere Medizin II – Universitätsklinikum Ulm
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Dr. Martin Bober
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Tel. +49 561 87948-370
