Entwicklung einer Shiny App zur Aufbereitung von Daten und Analysen aus der Medikamentenforschung

Erkenntnisse gegen den Krebs

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Vorteil

Mit der von eoda erstellten Applikation ist es iOmx möglich, relevante Erkenntnisse schneller in die Forschungsprozesse einzubringen und die Medikamentenforschung zu unterstützen.

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Daten

Die Applikation dient zur Visualisierung von Single-Cell RNA-Sequenzierungsdaten.

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Lösung

iOmx setzt wie viele Unternehmen aus der medizinischen Forschung auf die Programmiersprache R. Die Anwendung wurde deshalb im etablierten R-Framework Shiny entwickelt.

Hintergrund

Die iOmx Therapeutics AG verfolgt eine klare Mission: Die Revolution der Krebsbehandlung mit neuartigen Medikamenten auf Basis des Immunsystems. iOmx ist davon überzeugt, dass die effiziente Analyse von Daten einen elementaren Schritt bei der Medikamentenentwicklung darstellt.

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Ziel

Das Ziel von iOmx ist es deshalb, die Prozesse in der Forschung stetig zu verbessern, um so die optimalen Rahmenbedingungen für die Entwicklung von zukunftsweisenden Krebsimmuntherapien zu schaffen. Um sicherzustellen, dass Mitarbeitende einen reibungslosen Zugang zu der Analyse und Visualisierung von internen Datensätzen erhalten und sie effektiv nutzen können, wurde die Entwicklung einer benutzerfreundlichen Webapplikation geplant. Diese soll es ermöglichen, die Forschungsergebnisse und Erkenntnisse aus den Arbeiten von iOmx in einer zugänglichen und interaktiven Form zu präsentieren.

Die Applikation soll der Visualisierung und Analyse von Single-Cell RNA-Sequenzierungsdaten dienen. NutzerInnen können Zelltypen und Expressionsmuster präzise darstellen und komplexe Daten leicht verarbeiten, um wertvolle biologische Erkenntnisse zu gewinnen.

Lösung

Bei der Entwicklung dieser Applikation setzt iOmx auf die Expertise von eoda. Da iOmx im Bereich Data Science wie viele andere Unternehmen in der medizinischen Forschung auf die Programmiersprache R setzt, soll die Applikation mit dem R-Framework Shiny entwickelt werden.

Auf Basis von Shiny hat eoda die Applikation entwickelt, die folgende Funktionalitäten vereint:

  • Einlesen von Datensätzen aus der Single-Cell-Sequenzierung im schnellen und effizienten .qs-Format
  • Auswahl von Genen oder Genlisten zur anschließenden Visualisierung mit dem R-Paket Seurat
  • Nutzung von Methoden der Dimensionsreduktion (z.B. UMAP, t-SNE) zur Darstellung von Clustern und Expressionsmustern der hochdimensionalen Daten
  • Darstellung der Daten mittels Violin-Plots, Dotplots und Heatmaps
  • Aufführen einfacher Summary Statistics in Tabellenform
  • Export der Ergebnisse und Darstellungen
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Ergebnis

Die von eoda entwickelte Shiny-Applikation ermöglicht es allen Mitarbeitenden von iOmx, große kuratierte Datensätze zu analysieren und Abbildungen in Publikationsqualität zu erstellen. Relevante Erkenntnisse werden dadurch schneller in die Forschungsprozesse eingebracht und können die Medikamentenforschung unterstützen.

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Kontakt_final_Mastmeyer

Ihr Experte rund um das Thema Data-Science-Projekte:

Lutz Mastmayer
projects@eoda.de
Tel. +49 561 87948-370







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